Jusqu'au milieu du XVIème siècle, il y avait une petite église dont il ne reste aucune trace architecturale. Suite à la résolution des supérieurs de la congrégation de Cassino de fixer les structures du monastère, la construction de l'actuelle église abbatiale fut entreprise en 1564, et nous savons que ces travaux furent achevés en 1595.
Nous avons connaissance de ces deux dates, ainsi que de la riche documentation conservée dans les Archives historiques de l'Abbaye, grâce à deux inscriptions en marbre sur la façade extérieure de la même église. La consécration au culte de l'église a eu lieu le 20 mai 1602, au cours d'un rite solennel présidé par l'archevêque de Palerme Diego Aedo.
À l'intérieur, l'église abbatiale se présente dans toute sa sobriété ; en effet, si l'on observe les embellissements postérieurs de l'abside et de certaines chapelles, on comprend que l'intention des moines était de faire recouvrir les murs de l'église de marbre et d'autres décorations. Mais ce projet grandiose n'a jamais été entièrement réalisé, faute de moyens financiers.
Il ne reste rien de l'église antérieure à l'actuelle, seulement quelques œuvres en marbre de la fin du XVème siècle comme la statue de la Vierge de la Consolation, un portail et un bénitier.
